Il n'y a à ma connaissance pas de méthode standard ni d'école.
Commençons par le plus trivial, la numérotation. À l'ancienne (années 1980, rappelons que le premier roman à avoir été écrit sur traitement de texte était
2010 : Odyssée deux par Clarke en 1982), les auteurs écrivaient sur une feuille les numéros de 1 à 350 ou 400 (ou 800 pour
La Couronne des rois) et les biffaient au fur et à mesure. Au passage, ça donne parfois des erreurs de numérotation ou des paragraphes orphelins. Je suppose que chacun avait sa méthode pour que les paragraphes qui se suivent dans l'histoire ne soient pas trop proches.
Les
Loup* Ardent (J. H. Brennan) sont structurés en chapitres, les paragraphes d'un même chapitre sont proches, l'auteur se fiche manifestement du fait que les lectrices-joueuses jettent un œil à côté ; mais ça n'est pas gênant, les § sont assez longs (on ne voit pas d'un coup d’œil les conséquences d'un choix). Dans
Les Seigneurs de la guerre (coll. « La Voie du tigre », Mark Smith et Jamie Thomson), les paragraphes ayant un lien se terminent par le même chiffre (p. ex. 162 ; 212 ; 52 etc.).
Comme indiqué, il y a maintenant des logiciels amateurs qui mélangent automatiquement de manière aléatoire et s'arrangent même pour mettre à distance les § qui se suivent. Voir par exemple
http://www.la-taverne-des-aventuriers.c ... tion-d-avh
Sur la structure, il faut distinguer les différents types de livres-jeux.

Dans le cas d'un bouquin purement
[correction]convergent divergent — qui à mon sens est plus une collection de nouvelles qu'un livre-
jeu —, il n'y a pas grand chose à dire : chaque § est un embranchement qui fait diverger l'histoire, il n'y a pas de problème de cohérence lors d'une session de lecture. Il faut juste essayer d'équilibrer l'arbre pour que chaque session de lecture fasse à peu près la même durée.
Si le bouquin a des convergences, il faut aussi essayer d'équilibrer pour ne pas avoir un chemin super-rapide qui serait frustrant (sauf si c'est un choix volontaire de la part de l'auteur). Mais il faut aussi gérer de la convergence ; comme on peut parvenir à un § par divers chemins, il faut avoir une cohérence quelque soit le chemin parcouru.
Avec un œil moderne, il faut évidemment tenir à jour un graphe des chemins. Ça permet d'éviter les boucles et les déséquilibres de longueur, il y a même des logiciels qui analysent ça. Là encore un logiciel spécialisé dans l'écriture de livres-jeux fait ça.
Il reste un troisième type de livre-jeu : ceux avec une carte numérotée. L'aventure est structurée par la carte, chaque lieu pointant vers un numéro de § et pouvant donner lieu à une péripétie. J. H. Brennan aime bien en mettre, mais il y a parfois des bouquins entièrement structurés comme ça, comme
Les Portes de l'au-delà (coll. « Quête du Graal », J. H. Brennan) qui est carrément un donjon (avec monstres errants et tout et tout), les « Défis et sortilège » 1re saison (Gildas Sagot) ou encore les « DestinyQuest » (M. J. Ward) qui eux louchent plus vers les jeux vidéos.
Sinon, il y a plein de discussions sur la création d'œuvres amateurs sur le forum Rendez-vous au 1, rdv1.dnsalias.net
et quelques unes sur la Taverne,
http://www.la-taverne-des-aventuriers.c ... s-amateurs